Struktur NACCOL terbahagi kepada lima (5) peringkat iaitu Majlis Tertinggi, Jawatankuasa Eksekutif, Jawatankuasa Pemantauan Pelaksanaan, Jawatankuasa Penstabilan Harga di Sabah, Sarawak dan W.P. Labuan dan Jawatankuasa Kumpulan Kerja Kluster.

Majlis Tertinggi dipengerusikan oleh YAB Perdana Menteri dan termasuk Menteri, Ketua Setiausaha Negara, Gabenor Bank Negara, Peguam Negara, ahli akademik, badan bukan kerajaan (NGO), wakil persatuan, dan pakar industri. Majlis Tertinggi mengenal pasti isu dan cabaran semasa yang dihadapi rakyat berhubung peningkatan kos sara hidup dan membuat keputusan dasar untuk menanganinya. Majlis bermesyuarat sekurang-kurangnya dua (2) kali setahun berdasarkan isu dan keperluan.

Jawatankuasa Eksekutif dipengerusikan oleh YAB Timbalan Perdana Menteri I dan ahli-ahlinya termasuk Ketua-ketua Setiausaha Kementerian, pegawai tinggi Kerajaan, wakil-wakil daripada ahli akademik, industri, NGO, dan persatuan yang mempunyai kepakaran dalam bidang berkaitan. Jawatankuasa ini bermesyuarat sekurang-kurangnya empat (4) kali setahun dan bertanggungjawab untuk meneliti dan mempertimbang strategi serta pelan tindakan yang dicadangkan oleh Jawatankuasa Kumpulan Kerja Kluster.

Jawatankuasa Pemantauan Pelaksanaan dipengerusikan oleh YB Menteri Perdagangan Dalam Negeri dan Kos Sara Hidup. Ahli-ahlinya termasuk Ketua-ketua Setiausaha Kementerian, pegawai tinggi Kerajaan, wakil dari ahli akademik, industri, NGO, dan persatuan yang mempunyai kepakaran dalam bidang berkaitan. Jawatankuasa ini bermesyuarat sekurang-kurangnya 12 kali setahun dan berfungsi sebagai platform untuk memantau pelaksanaan keputusan yang dibuat semasa mesyuarat NACCOL.

Jawatankuasa Penstabilan Harga di Sabah, Sarawak dan W.P. Labuan dipengerusikan oleh YAB Timbalan Perdana Menteri II sebagai platform dalam meneliti isu, cabaran semasa serta melaksanakan kajian berhubung masalah harga barangan dan perkhidmatan. Jawatankuasa ini bermesyuarat sekurang-kurangnya tiga (3) kali setahun dan bertanggungjawab menyediakan cadangan strategi dan mekanisme dalam penstabilan harga di Sabah, Sarawak dan W.P. Labuan.

Jawatankuasa Kumpulan Kerja Kluster dipengerusikan oleh Ketua Setiausaha Kementerian. Ahli-ahlinya terdiri daripada gabungan wakil sektor awam dan swasta berdasarkan kepakaran, kemahiran dan kecekapan mereka dalam menangani isu dan cabaran dalam kelompok yang ditetapkan. Jawatankuasa bermesyuarat mengikut isu dan keperluan semasa serta jawatankuasa ini ditugaskan untuk membangunkan strategi jangka pendek, sederhana dan panjang yang berkesan. Tujuh (7) kluster di bawah NACCOL ialah Kesihatan, Makanan, Pendapatan, Pendidikan, Pengangkutan, Perumahan dan Utiliti.